Muzeum, jak název napovídá, se nachází ve městě Marathon a je otevřeno pro veřejnost již přes 30 let. K vidění jsou tu předměty z místních nalezišť, z nichž však některé jsou jen kopiemi a na originály si musíte zajet do Národního archeologického muzea v Athénách. Sbírka je rozložena do několika místností v časovém sledu jednotlivých období – od pravěku až po první staletí našeho letopočtu. Obdivovat tu můžete například dobové vojenské vybavení, keramiku, pohřební předměty, sochy a figurky, sklo, porcelán a další.

Otevřeno je každý den kromě pondělí a státních svátků. Za vstupné se platí několik euro, přičemž děti a studenti mají vstup zdarma.