Muzeum pravěku v hlavním městě Fira se nejvíce soustřeďuje, jak název napovídá, na období před zhruba třemi tisíci lety až po dnešní čas a dokládá pestrý život na ostrově po dobu celé jeho existence. Sbírka předmětů našich dávných předků je velmi bohatá a pochází převážně ze známého naleziště Akrotiri, které leží na jihu Santorini. Zdaleka však expozice nepokrývá jen dějiny, ale dotýká se i historie samotného výzkumu a zeměpisných parametrů ostrova od prehistorie po dnešek. V části věnující se vykopávkám a nálezům z Akrotiri a některých dalších oblastí ostrova mohou návštěvníci obdivovat umělecké předměty v podobě maleb, sošek ze zlata a mramoru, keramiky a šperků, ale též fosílie a jiné zkameněliny. Muzeum je otevřeno každý den kromě státních svátků a za vstup se platí plné vstupné u dospělých; studenti a děti mají slevu. Je dobré se přímo v místě dotázat na dny otevřených dveří, kdy je vstup zdarma (většinou neděle).